Basis der Entwicklung des VW Phaeton war die Volkswagen-Sicherheitsphilosophie, die neben allen weltweit gültigen Gesetzen auch Erkenntnisse aus der Unfallforschung berücksichtigt. Mittels Mehrkörpersimulation mit dem Programm MADYMO wurden das Insassenverhalten simuliert sowie die Rückhaltesysteme optimiert. Strukturrelevante Crash-Berechnungen wurden mit dem FE-Programm PAMCRASH durchgeführt. Der Offsetcrash auf eine deformierbare Barriere mit 64 km/h bei 40 % Überdeckung bildete die Grundlage hinsichtlich der Frontalkollision. Darüber hinaus wurden weitere Tests, z.B. US-Standards, in der Auslegung berücksichtigt. Beurteilungskriterien waren Überlebensraum, Insassenbelastung, Türöffnungsverhalten und Dichtheit des Kraftstoffsystems. Weitere Entwicklungsziele waren geringe Intrusionen der Struktur und eine gleichmäßige Verteilung der auf den Insassen wirkenden Kräfte bei einer Seitenkollision. Dadurch konnte ein Belastungsniveau bei den Insassen weit unterhalb der biomechanischen Grenzwerte realisiert werden. Bei der Auslegung der Fahrzeugstruktur hinsichtlich Heckkollisionen wurden wie beim Frontal- und Seitencrash die weltweit höchsten Anforderungen zu Grunde gelegt. Diese stellt derzeit der US-Standard FMVSS 301 mit einem 30 mph- oder 48 km/h-Aufprall einer starren Barriere dar. Darüber hinaus wurde auch der erst nach 2005 in Kraft tretende Standard mit dem Aufprall einer deformierbaren Barriere mit 80 km/h bei einer Überdeckung von 70 % erfüllt. Die Beurteilung der Sicherheitsstruktur und Insassenbelastungen im Fahrzeugüberschlag erfolgte in dynamischen Versuchen sowohl um die Querachse des Fahrzeugs mit 48 km/h als auch im Schraubüberschlag um die Fahrzeuglängsachse mit 70 km/h. Der Phaeton verfügt auf allen Sitzplätzen serienmäßig über Automatik-Dreipunktgurte mit integrierten Gurtkraftbegrenzern. Optional kann man den Phaeton mit einem neuartigen Doppelretraktorsystem auszurüsten. Dabei ist jeweils ein zweiter Gurtautomat mit integriertem Straffer vorhanden, der seitlich am Sitz angebracht ist und eine gleichzeitige Schulter- und Beckenstraffung ermöglicht. Der Phaeton ist mit acht serienmäßigen Airbags ausgestattet. Das Airbag-Auslösesystem besteht aus einem Airbagsteuergerät mit zwei internen Beschleunigungsaufnehmern und sechs am Fahrzeug verteilten Satellitensensoren. Alle Sensoren messen mikromechanisch die aktuellen Längs- und Querbeschleunigungen. Die Messwertauswertung erfolgt zentral im Airbagsteurgerät. Für die Seitencrasherkennung kommen vier spezielle Satellitensensoren zum Einsatz. Es ist gewährleistet, dass die Aufprallzonen für verletzungsrelevante Seitenkollisionen durch das Airbag-Auslösesystem abgedeckt sind.